隐形航班中的神秘囚犯名叫西蒙，原是神秘构造治理者手下的得力干将，因为生性不服管教，被构造关押起来。迈克尔作为构造认定的西蒙的继任者，不单档案中被加上了西蒙所犯的各种恶行，同时被列进黑名单，遭受着不白之冤。 此次西蒙花大代价逃狱出来，以炸毁酒店为威逼，停整理用迈克尔做诱饵，诱捕治理者，找回本人曩昔的生存。迈克尔接洽到治理者今后，暗示停整理合营抓捕西蒙回案。然而治理者对西蒙的不放在眼里使本人落进了西蒙手中，迈克尔不吝驾车与西蒙相撞，并在治理者再次暗示接纳本人进伙的时辰手下留情，没有杀死坑害本人的西蒙，停整理借此打进神秘构造内部。 同时，联邦查询拜访局警探为抓捕迈克尔，对其母玛德琳威逼利诱，并最终在街头将迈克尔和西蒙捕捉。然而不久今后，几个神秘人物将迈克尔领走，联邦查询拜访局也对此力所不及。迈克尔经由几番周折，最终摘下头套时，发明本人坐在一个目生的房间内，不知道本人将面临的是什么样的将来。（第三季完）